วว.แบ่งการดำเนินงานเป็น 6 กลุ่มหลัก ดังนี้
กลุ่มวิจัยและพัฒนาด้านอุตสาหกรรมชีวภาพ (อช.)
1. ศูนย์เชี่ยวชาญนวัตกรรมเกษตรสร้าสรรค์ (ศนก.)
- สถานีวิจัยลำตะคอง (สลค.)
2. ศูนย์เชี่ยวชาญนวัตกรรมอาหารสุขภาพ (ศนอ.)
3. ศูนย์เชี่ยวชาญนวัตกรรมผลิตภัณฑ์สมุนไพร (ศนส.)
4. ศูนย์ความหลากหลายทางชีวภาพ (ศคช.)
กลุ่มวิจัยและพัฒนาด้านพัฒนาอย่างยั่งยืน (พย.)
1. ศูนย์เชี่ยวชาญนวัตกรรมพลังงานสะอาดและสิ่งแวดล้อม (ศนพ.)
- สถานีวิจัยสิ่งแวดล้อมสะแกราช (สสส.)
2. ศูนย์เชี่ยวชาญนวัตกรรมวัสดุ (ศนว.)
3. ศูนย์เชี่ยวชาญนวัตกรรมหุ่นยนต์และเครื่องจักรกลอัตโนมัติ (ศนย.)
กลุ่มยุทธศาสตร์และจัดการนวัตกรรม (ยธ.)
1. สำนักยุทธศาสตร์วิสาหกิจ (สยศ.)
- กองนโยบายและแผน (กนผ.)
- กองติดตามและประเมินผล (กตป.)
- กองพัฒนาระบบงาน (กพร.)
2. สำนักจัดการเทคโนโลยีและนวัตกรรม (สจท.)
- กองบริการธุรกิจนวัตกรรม (กบร.)
- กองพัฒนาธุรกิจนวัตกรรม (กพน.)
ᐅกลุ่มบริการอุตสาหกรรม (บอ.) ประกอบด้วย 4 ศูนย์ 1 สำนัก
1. ศูนย์ทดสอบและมาตรวิทยา (ศทม.)
- บางปู
2. ศูนย์พัฒนาและวิเคราะห์สมบัติของวัสดุ (ศพว.)
3. ศูนย์การบรรจุหีบห่อไทย (ศบท.)
- บางเขน
4. ศูนย์ทดสอบมาตรฐานระบบขนส่งทางราง (ศทร.)
5. สำนักรับรองระบบคุณภาพ (ศรร.)
ᐅกลุ่มบริหาร (บห.) แบ่งเป็น 4 สำนัก 1 กอง ดังนี้
1. สำนักบริหารทรัพยากรบุคคล (สทบ.)
- กองบริหารบุคคล (กบค.)
- กองพัฒนาบุคคล (กพค.)
2. สำนักบริหารการคลัง (สกค.)
- กองการเงินและบัญชี (กงบ.)
- กองพัสดุและคลังพัสดุ (กพด.)
3. สำนักดิจิทัลและสารสนเทศ (สทส.)
- กองการเงินและบัญชี (กงบ.)
- กองพัสดุและคลังพัสดุ (กพด.)
4. สำนักบริการกลาง (สทส.)
- กองกลาง (กกล.)
- กองซ่อมบำรุง (กบร.)
5. กองกฎหมาย (กกม.)
ᐅกลุ่มงานสังกัดผู้ว่าการ แบ่งเป็น 3 สำนัก ดังนี้
1. สำนักผู้ว่าการ (สผวว.)
- กองงานเลขานุการ (กลข.)
- กองวิเทศสัมพันธ์ (กวส.)
2. สำนักสื่อสารองค์กร (สสอ.)
- กองสื่อสารภายใน (กสน.)
- กองประชาสัมพันธ์ (กปส.)
3. สำนักตรวจสอบภายใน (สตส.)
